Se ha detectado una serie de riesgos potenciales al ambiente asociados con la liberación al campo de los organismos genéticamente modificados (OGM) y con la transferencia de los transgenes. Estos riesgos se pueden explorar a nivel genómico, de individuos y poblaciones y de ecosistemas. Además, se deben considerar efectos a corto, mediano y largo plazo.
La introducción de las construcciones transgénicas puede ocurrir de dos maneras: por transferencia vertical hacia variedades criollas o a parientes silvestres cercanos, y por transferencia horizontal a otros organismos como virus y bacterias. Los riesgos asociados con estos procesos, así como las probabilidades de que ocurran, varían en función de distintos factores. Una preocupación relacionada con la introducción de los transgenes a variedades criollas es la erosión que potencialmente puede sufrir la biodiversidad del germoplasma del cultivo. Esto ya ha ocurrido con la introducción de variedades mejoradas por métodos convencionales. La introducción de los transgenes en las variedades criollas sólo disminuiría la diversidad genética del cultivo si la presión de selección a favor de las plantas transgénicas fuera muy intensa. Una vez que la hibridización ha ocurrido, el impacto en el ambiente va a depender del transgén en cuestión y de su expresión en un nuevo contexto genético.
Otros de los riesgos que se han asociado con los organismos genéticamente modificados es que puedan causarle daño a insectos benéficos o a especies que no se intenta controlar, y con esto disminuir la biodiversidad y alterar en diferente medida las comunidades bióticas y los ciclos biológicos.
Por lo anterior, el uso de los organismos transgénicos debe hacerse con una seria evaluación de los riesgos que puedan representar para el medio ambiente, la biodiversidad y la salud humana. Esta evaluación de riesgo debe basarse en la mejor información científica posible y en los principios de caso por caso; es decir considerar el trinomio organismo receptor de la modificación, la modificación genética y el ambiente en donde se pretende llevar a cabo la liberación del transgénico; además en el principio precautorio.
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